In 1941 werd dit squadron omgevormd tot een "special duties" squadron. Het hield deze rol tot 1950. De SOE hielden ze zich bezig met sabotage van de Duitsers. De agenten, wapens en munitie om dit doel te bereiken werden achter de vijandelijke linies gedropped. De eerste vluchten waren met Lysander van No.419 Flight wat was geformeerd in North Weald in august 1940. De taak werd al snel te groot voor een enkele flight en ondanks dat Bomber Command de toestellen eigenlijk niet kom missen werd een jaar later het No. 138ste geformeerd. 

Bijna vier jaar lang voerde ze missies van Noorwegen tot Joegoslavië en diep in Polen uit. Voornamelijk met Halifax en later Stirling toestellen werden agenten,munitie,explosieven en radio apparatuur aan parachutes neergelaten op vooraf vastgestelde landingsplaatsen waar ontvangstcommitiees van de lokale ondergrondse de zending in ontvangst nam. 

In het geval van Nederland zijn door het door de Duitsers listig opgezette Englandspiel vielen bijna alle agenten en droppings vrijwel direct in Duitse handen. Ook de lading van de BB 329 en een zustertoestel met drie Nederlandse agenten werd zo onderschept.

De laatste taak in WO 2 was het droppen van voedsel in het nog bezette Holland